科学地配置环境与工具

本章将介绍如何为生物信息学分析配置高效的工作环境和工具。一个良好的环境配置不仅能提升工作效率，还能确保分析的可复现性和可维护性。

我们选择的这些工具遵循着以下原则：

• 稳健性：工具应经过广泛使用和验证，能够处理各种数据类型和分析任务。
• 不需root权限：工具应能在用户权限下安装和运行，避免对系统环境造成影响。
• 易用性：工具应具备良好的用户界面和文档，便于用户快速上手和解决问题。
• 更新频率：工具应保持活跃的开发和更新，以适应不断变化的技术和需求。
• 社区支持：工具应拥有活跃的用户社区，便于获取帮助和分享经验。

本章内容包括以下部分：

• 4  地表最强IDE：VSCode ：介绍几款常用的集成开发环境（IDE），帮助用户高效编写和调试代码。我们将重点介绍VSCode及其相关插件的使用方法。
• 5  系统及终端：Linux ：讲解如何配置和使用终端和Shell，使用终端复用器，以及常用的Linux命令。我们将重点介绍Zsh和Zellij。我们还会涉及在Windows系统上使用WSL（Windows Subsystem for Linux）的方法。
• 6  项目环境管理：Pixi ：讲解如何使用环境管理工具来创建和管理隔离的项目环境，确保不同项目之间的依赖不冲突。我们将重点介绍Pixi的使用方法。
• 7  版本控制：Git ：介绍版本控制系统的基本概念和使用方法，帮助用户跟踪代码的变化和协作开发。我们将重点介绍Git及其常用命令。
• 8  计算流程管理：targets & Dagster ：介绍工作流管理工具的基本概念和使用方法，帮助用户自动化和规范化数据分析流程。我们将重点介绍targets (R) 和Dagster (Python)。